[Crac-bugs] Utilisation de CRAC

Mikaël Salson mikael.salson at lifl.fr
Ven 24 Mai 18:36:33 CEST 2013


Bonjour Caroline,

Je reviens vers toi par rapport aux résultats que tu nous as présentés 
sur CRAC.
Je t'avoue être un peu étonné sachant que nous avons fait des tests 
similaires sur des données humaines (qui sont dans l'article) et Nicolas 
m'a dit qu'il en avait aussi fait sur la souris.

J'ai donc pensé à certains aspects qui pourraient éventuellement poser 
problème.
– Il y a, on en a parlé, le fait que les positions commencent à 0 dans 
notre format maison
– Il y a aussi le fait que le jeu de données étant composé de 1M de 
reads, il se peut qu'un certain nombre de jonctions aient une couverture 
très faible (c'est-à-dire vues dans un seul read). Dans ce cas, ils sont 
enregistrés dans le fichier dont l'extension est
(par défaut) coverlessSplice (ils apparaissent également dans le SAM), 
et qu'on peut récupérer avec l'option --weak-splice.
– Troisième aspect : les jonctions qui sont vues sur le brin -. Je ne me 
souviens jamais comment il faut les interpréter dans le fichier des 
splices, j'ai donc vérifié :
Si on a
1075 single 1|-1,876686 pos_junction=94 gap_length=829 1|-1,876626 
pos_location=134
La localisation donnée pour le splice est toujours la position de fin de 
l'exon en 5' (qu'on soit sur le brin + ou sur le brin -). Donc ici un 
exon se termine en 876686 et un autre exon reprend 829+1 nucléotides 
plus loin.

Comme tu m'as posé des questions sur le format maison, tu pourras 
trouver une documentation disponible ici :
http://crac.gforge.inria.fr/data/uploads/homemadeoutput.pdf
Et sur le format SAM (nous ajoutons des champs supplémentaires, par 
rapport à ceux obligatoires) :
http://crac.gforge.inria.fr/data/uploads/sam.pdf

Je ne sais pas si tu as eu l'occasion de tester CRAC sur une machine 
possédant plus de mémoire. Si jamais ça ne marche toujours pas sur le 
jeu complet de reads, n'hésite pas à nous envoyer la ligne de commande 
utilisée et l'ensemble des messages qui sont affichés par CRAC.
Si besoin, tu peux aussi mettre les jeux de données sur un serveur pour 
qu'on puisse tester de notre côté.

N'hésite pas pour toute question,
Mikaël



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