[Gatb-core-support] questions error removal de bruijn graph

Camille Marchet camille.marchet at inria.fr
Mer 20 Sep 10:14:26 CEST 2017


Salut la team GATB,

J'aimerais savoir savoir s'il est possible de :
> construire un graphe de De Bruijn (ça je pense que ça va)
>  retirer les tips (sans crusher les bubbles)
       > avec un seuil de solidité absolu classique et aussi un seuil
relatif (comme c'est fait dans KisSplice, option -C). Il me semble que
Rayan avait évoqué l'implémentation de ce seuil relatif l'année dernière à
une formation GATB.
>  obtenir les unitigs qui correspondent au graphe dont on a ôté les noeuds
qui ne passent pas ces filtres (ce que ne fait pas KisSplice, qui sort
plutôt une liste d'arètes interdites), puis dont on a compacté les noeuds
simples restants.


Merci !
C
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